2004년 7월 26일 새벽, 행인 2명에게 방망이를 집어 던지는 등 폭행을 휘둘러 경찰에 연행되었다. 당초 심각한 사안이 아니라고 판단되어 한국야구위원회에서는 벌금 300만원에 7경기 출장정지 처분을 내렸다. 하지만 쌍방 폭행 사건을 축소하려던 것이 들통나서 경찰은 재조사에 들어갔고, 한국야구위원회에서는 무기한 출전 정지라는 중징계를 내렸다. 사건 당시 혈중 알코올 농도 0.13%인 만취 상태로 근처 모 호텔에서 사건 현장까지 10ｍ가량 자신의 렉서스 승용차를 운전하다 면허 취소되었다.[3]
2008년 7월 16일 새벽, 만취 상태에서 경비원 2명과 경찰관을 폭행한 혐의로 입건, 구속 영장을 신청하였으나 17일 법원은 이를 기각하였다. 또한, 같은 날 KBO는 상벌 위원회를 열고 정수근에 대해 '무기한 실격 선수'처분을 내렸으며, 전날 롯데가 신청한 임의탈퇴를 공시하지 않았다.[4]
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