지중해에는 경쟁세력이 5개나 있어 복잡하다. 이 중 스페인의 발데스, 터키쪽의 '파샤'가 강력한 상대다. 이태리 근처의 '첸토리오네'는 비교적 약하므로, 이 지역을 시작으로 세력을 펼쳐나가는 것도 괜찮다.
리스본에 도착하면 스페인을 물리쳐 달라는 마을사람들의 지지를 들을 수 있다.
리스본 왕궁에 가면, 국왕이 스페인의 손에서 벗어날 수 있는 방법을 말해준다. 이제 발데스를 잡으로 세빌리아로 가자. 어려운 전투가 기다리고 있으므로 준비를 충분히 해야 한다.(전열함 또는 철갑선 5척에 무장포대 4개 갖추는 것을 추천)
세빌리아에 들어서면 발데스의 부하 '시몬'과 시비가 붙는다. 이때 발데스가 등장하고, 바다에서 결판을 내자 한다.
세빌리아에서 출항하면 곧 바로 전투다!
함대 2개와 동시에 전투가 일어난다. 바람을 등지고, T자 전법으로 한 함대씩 상대하여 피해를 줄이자.
여기서 승리하면 열받은 발데스가 바로 공격을 해 오는데, 알브켈케군마저 적으로 참가한다. 역시 함대 2개와 동시 전투다.(앞선 전투와 합쳐 총 함대 4개와 붙는 것이다)
대항해시대4 내에서 가장 어려운 전투 중 하나다. 만약 질 것 같으면 도망이라도 치자.(특히 페어데이터로 왔다면 더욱 그러하다)
여기서 승리하면 패자의 증표 단서 중 하나인 '무늬가 그려진 천'을 얻을 수 있다. 만약 전투에서 승리하지 못했다면 이후 발데스를 해산시켜야 획득이 가능하다.
승전보를 들고 리스본의 왕궁에 보고하러 가자. 국왕은 라파엘을 칭찬하고 포상을 하려 하지만, 정작 라파엘 본인이 사양하여 포상은 없다;
이후 발데스를 응징할 것인가 살려 둘 것인가는 플레이어의 마음이다.
알렉산드리아에 기항하면 하이레딘과 만날 수 있다. 그는 라파엘이 이제는 지중해를 잡아먹을 수 있겠다(?)는 말을 해 주고, '알제'항구에 가 보라고 한다.
알제 항구에 가면 하이레딘의 선물인 전열함 한척을 얻을 수 있다. 이와 함께 파샤군을 물리쳐 달라는 말을 해 준다.(파샤군을 해산시키고 알렉산드리아의 유적에 가면 '배덕의 반딧드 메일'을 얻을 수 있다)
하이레딘과 이렇게 약속은 했으나, 파샤군을 물리칠 것인가 놔둘 것인가는 플레이어 마음이다.
세력치 1위를 만든 후 이스탄불의 조합에 가면 불치병에 걸린 소년을 만나는 이벤트가 일어난다. 이 소년을 치료하려면 동방의 약이 필요한데, 항주의 조합에서 구입했던 '화타의 한약'이 그것이다.
소년을 살려주면 조합장이 감사의 표시로 이스탄불의 유적위치를 가르쳐 준다.
이스탄불의 유적에 가면 길이 막혀서 절벽을 올라가야 한다는 말을 들을 수 있다. 이를 위해선 지도가 필요하다 하는데, 이것은 아테네 조합에서 구입할 수 있다.
다시 찾아가면 유적을 발견할 수 있고, 그곳에서 패자의 증표 단서인 '놋쇠로 만든 램프'를 얻을 수 있다.
역시 항구에 가면 패자의 증표 지도를 얻을 수 있고
지중해 패자의 증표 '캄비세스의 관'을 찾았다!
7개의 패자의 증표를 모두 찾았다. 항구에서 리스본 국왕이 찾는다는 말을 들을 수 있다.
리스본의 왕궁에 가면 곧 엔딩이다. 보급항 탐사, 아이템 발견을 더 해보려면, 바로 가선 안 된다.
패자의 증표 7개로 포르투칼의 독립을 받을 수 있다. 국왕은 라파엘에게 부왕의 자격을 제시하나, 역시 거부하고 모험을 계속할 것임을 밝힌다.
이후 잔잔한 엔딩이 나온다.