게임 엔딩이 굉장히 암울하다. 역사를 바꾸는 데는 성공했으나 역사가 바뀌어 새로운 미래를 보게된 세라는 결국 수명이 다하여 죽고, 에트로의 분신 카오스의 심장이 박힌 카이어스를 죽였기에 여신 에트로도 소멸. 여신 에트로가 죽었기에 발할라의 혼돈이 해방되어 세계는 혼돈에 휩싸인다.
프래그먼트 160개를 모은 상태로 최종 보스를 클리어하면 시크릿 엔딩을 볼 수 있는데 이 영상을 요약하면 카이어스의 "계획대로…"라 할 수 있다. 별 의미가 없는 영상.
게다가 엔딩이 To Be Continued...로 끝나면서 대놓고 후속작을 예고하고 있다. 그리고 이에 맞춰 디렉터 토리야마 모토무의 "13-2는 말이죠, 소프트 하나만으로 완결하는 작품이 아니기 때문에, 앞으로도 계속해서 이렇게 DLC를 만들테니 여러가지를 즐길 수 있는 컨텐츠가 됩니다."라는 발언에 추가 시나리오 DLC 등도 예고하고 있어서 플레이한 유저들에게 폭풍같이 까이는 중
