전체적으로 두가지의 스토리가 있죠.
하나는 애니머스 내에서의 어쌔신의 이야기,
두번째는 애니머스 밖 현실에서의 이야기.
첫번째는 시리즈마다 템플러를 막는 어쌔신의 입장이라는 것은 같지만 각자의 삶에 대해 풀어나가는 바가 다르죠.
두번째는 시리즈마다 계속해서 이어지는 이야기이고 에지오 사가의 마지막인 리벨레이션과 3편에서 그 정점을 찍었다고 생각이 됩니다. 그 이후의 현실 이야기는 뭔가 진행되는게 약해서 아쉽지만 이번 신디케이트에서는 현실의 비중을 다시 늘린다고 하네요.
그밖의 스토리 요소는 전부 존재하는 음모론을 모아논거죠.